تحصلت جامعة جندوبة على الإشهاد في نظام إدارة الجودة ايزو9001 .
ويعتبر نظام إدارة الجودة ايزو 9001، المعيار الأكثر انتشاراً في العالم لأنظمة إدارة الجودة.
ويقوم على مراقبة مستوى الجودة وإدارة العمليات في الجامعة حيث يوضح هذا المعيار الطرق التي يمكن من خلالها الارتقاء بالخدمات التي تقدمها الجامعة لأعلى المستويات كما أنه يساعد على تطوير آلية أداء الأعمال في مختلف المجالات.